Kompleksni razlozi iza progona se mogu podijeliti u 4 elementa: strah paranoičnog diktatora od brzog rasta i sve veće popularnosti Falun Gonga; ljubomora istog diktatora naspram popularnosti prakse, inherentni konflikt između divlje političke ideologije režima i njene potpune suprotnosti --- principa Istinitosti, Dobrodušnosti i Tolerancije; sama priroda komunizma koji, da bi se održao, traži periodično imenovanje malog dijela populacije kao „neprijatelja“ protiv kojeg se treba „boriti“.
Tri godine prije službenog pokretanja progona u srpnju 1999., praktikanti su bili pod sve intenzivnijom vladinom opresijom. Falun Gong knjige su bile pod zabranom tiskanja već od 1996., a u državnim novinama se pojavio i prvi članak koji kritizira Falun Gong. Već 1998. i 1999. su prekidali grupno vježbanje u parkovima. Pojačani su propagandni napadi protiv Falun Gonga u državnim medijima. Nakon serije događaja u travnju 1999. u kojima je policija nepravedno uhitila i tukla praktikante u gradu Tianjin, skoro 10 tisuća Falun Gong praktikanata se 25. travnja okupilo u Pekingu u mirnom apelu Državnom žalbenom uredu. Tražili su otpuštanje uhićenih praktikanata, ponovno razmatranje pitanja o zabrani tiskanja Falun Gong knjiga kao i prekid vladinog uznemiravanja praktikanata. Iako je okupljanje bilo iznimno miroljubivo, a tadašnji premijer Zhu Rongji koji se sastao s praktikantima prihvatio ispuniti njihove zahtjeve, službena opresija se ubrzala nakon tog događaja. Predsjednik Jiang Zemin je 10. lipnja 1999. utemeljio Ured 6-10, državnu policijsku agenciju s posebnim autoritetom nad svim lokalnim upravnim tijelima, vladama i sudovima, koja je bila vodič progona Falun Gonga. Policija je 20. srpnja 1999. provela masovna uhićenja koordinatora mjesta za vježbanje Falun Gonga. Sveobuhvatan medijski napad protiv Falun Gonga je lansiran 22. srpnja i praksa je službeno postala zabranjena. Od tada progon nije ništa slabiji, bez obzira na činjenicu da ne postoji nikakav zakon na kojem je zabrana utemeljena niti koji dopušta progon.
